Este tutorial describe un flujo de trabajo detallado utilizando las herramientas de Symbiota en el Consorcio de Herbarios de Líquenes, para compilar listas basadas en registros de ejemplares disponibles en el Consorcio, así como en registros publicados en la literatura.
Para un tutorial general sobre cómo crear listas de especies en Symbiota, consulte la Documentación de Ayuda de Symbiota sobre Listados de Especies. También hay disponible un tutorial para principiantes aquí.
Un ejemplo de una lista de especies se publicó recientemente para el país de Ecuador: Lichen-forming, Lichenicolous and Allied Fungi of Ecuador. Un ejemplo de cómo crear listas de especies en SEINet fue publicado recientemente en el Vol. 17 de Canotia: Mackenzie E. Bell and Leslie R. Landrum: Making Checklists with the SEINet Database/Symbiota Portals.
El uso del Consorcio para elaborar listas y manejar los datos, proporciona una opción eficiente y dinámica para trabajar con listas grandes de especies de países megadiversos, particularmente cuando se trata de grupos poco conocidos, donde los cambios taxonómicos son frecuentes.
Para una discusión más detallada sobre el uso de las herramientas de Symbiota, por favor revisar la siguiente publicación:
Yánez-Ayabaca et al. (2023) Towards a dynamic checklist of lichen-forming, lichenicolous and allied fungi of Ecuador. The Lichenologist 55(5):203-222 [libre acceso].
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Tabla de contenidos
- Listas Jerárquicas vs. No Jerárquicas
- Cargar Listas Existentes
- Herramienta de Váucher
- Ejemplares Tipo
- Literatura
- Limpieza Taxonómica
- Asignación de Categorías
- Configuración del Encabezado
- Historial de las Versiones de la Lista y Descargas
- Publicación de la Lista
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1. ‘Listas Jerárquicas’ vs. ‘No Jerárquicas’
Antes de comenzar, es una buena idea decidir qué tipo de lista está planeando hacer.
jerarquías geográficas/geopolíticas
Las listas de especies creadas con Symbiota pueden ser simples o jerárquicas. Por lo tanto, para un país grande, con muchas provincias o estados diferentes; es mejor, primero elaborar listas individuales para cada uno y luego incluirlas como listas ‘hijas’ para el país. En la lista principal se incorporarán automáticamente los taxones incluidos en cualquiera de las listas ‘hijas’. De esta forma, se puede construir una lista de especies para México creando primero listas separadas para cada estado (Baja California, Chihuahua, Sinaloa, etc.) y luego agregándolas como ‘hijas’ a la lista principal del país.
También hay algunas desventajas al crear listas jerárquicas:
(1) Las listas jerárquicas añaden complejidad: cada cambio realizado en cualquiera de las listas ‘hijas’ se reflejará en la lista principal. Gestionar un historial de versiones de listas (ver abajo) se vuelve más desafiante, especialmente cuando se trata de un país grande con muchas provincias o estados y, por lo tanto, una lista principal con múltiples listas ‘hijas’ provinciales o estatales.
(2) La información detallada que se haya ingresado para un taxón específico puede ser diferente en una lista ‘hija’ con respecto a la información de la lista principal. Generalmente, la información de esta lista ‘hija’ también aparece en la lista principal, a menos que se ingrese información diferente en la ‘hija’.
Si solo se ha ingresado información en la lista principal, esta reemplazará a la ingresada en la adicional o ‘hija’.
Por ejemplo: una especie puede ser rara en un estado (o provincia), pero común en la mayor parte del país. Para enfatizar esta diferencia, uno tendría que incluir dos comentarios: uno en la lista ‘hija’ estatal, donde se mencione que la especie es rara en ese estado particular; y el segundo comentario en la lista principal donde se indique que la especie es generalmente común en la mayoría de los estados del país.
Esto significa que para países grandes, con muchos estados (o provincias), mantener listas jerárquicas separadas añade un nivel de complejidad y por lo tanto, un mayor mantenimiento general de estas listas de especies.
También es posible utilizar un enfoque mixto: construir una lista general de todas las especies reportadas en un país, más unas pocas listas adicionales solo para los estados/provincias mejor conocidos, aquellos que han recibido mayor atención. Por ejemplo, en México, los estados del noroeste como Sonora, Baja California y Baja California Sur han sido suficientemente bien investigados como resultado del Inventario de Líquenes para la Región Sonorense, mientras que de algunos otros estados solo se conocen unos pocos registros de especies.
Las listas de Ecuador como un ejemplo de listas jerárquicas:
Hay cuatro listas disponibles – (1) la Lista Principal de Ecuador, (2) una Lista de la Provincia de Galápagos, (3) una Lista Roja con evaluaciones preliminares de especies endémicas de Galápagos, y (4) una lista de especies reportadas erróneamente de Galápagos.
La lista principal de Ecuador está configurada como la lista madre de Galápagos. La lista roja de Galápagos, es una lista hija de la lista de Galápagos y está configurada como una ‘lista de especies raras, amenazadas y protegidas’ [ver abajo]. La lista de especies reportadas erróneamente de Galápagos es una ‘lista de especies excluidas, por lo que no alimenta con sus registros a la lista principal [ver también abajo].
Las listas jerárquicas son útiles para distinguir la biota de líquenes a través de regiones geográficas/geopolíticas. Pero también hay dos categorías adicionales de listas ‘hijas’:
‘Lista de Especies Raras, Amenazadas y Protegidas’ ‒ esta categoría se configura para incluir especies de una región (país, estado, etc.) que se consideran raras y potencialmente amenazadas. La elaboración de una lista de este tipo se puede utilizar para ocultar al público los datos de localización geográfica de estos ejemplares. Aunque esta lista alimenta datos a la lista ‘madre’, los ejemplares incluidos en esta lista no se mostrarán en un mapa. Estos registros de ocurrencia permanecen ocultos al público y solo son accesibles a usuarios con derechos para revisar las ocurrencias de especies raras. Un ejemplo es la ‘Lista Roja de Líquenes Endémicos de Galápagos‘ (sin embargo; actualmente la mayoría de los registros de esta lista, no están ocultos, ya que es una lista de evaluación preliminar).
y
‘Lista de Especies Excluidas’ ‒ esta categoría se configura para construir listas de taxones que han sido reportados erróneamente en una región (país, estado, etc.); a diferencia de cualquier otra lista ‘hija’, los taxones de una ‘lista de especies excluidas‘ no se incluirán en la lista ‘madre’. Un ejemplo es la lista de ‘Reportes erróneos de hongos formadores de líquenes, hongos liquenícolas y hongos aliados de Galápagos‘.
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2. Cargar Listas Existentes
Las listas pueden construirse añadiendo taxones manualmente, por lote o utilizando la Herramienta de Váucher (Voucher Tool). Para la elaboración de una lista solo se pueden añadir taxones (especies, subespecies, variedades, formas) que estén disponibles en el Tesauro Taxonómico.
Los taxones que no estén incluidos deben agregarse primero al tesauro antes de que puedan añadirse a una lista (contactar al administrador del portal si falta algún taxón en el tesauro).
Al construir listas de especies manualmente, es altamente recomendable primero revisar si un nombre es considerado como ‘aceptado’ o como un ‘sinónimo’. De manera predeterminada, los taxones se mostrarán en las listas tal y como fueron añadidos originalmente a esa lista; es decir, en la ‘lista original’.
Al construir una lista desde cero, es posible añadir accidentalmente dos nombres diferentes de la misma especie. Cambiando la vista de ‘Lista original’ (‘Original Checklist’) a ‘Tesauro Central’ (‘Central Thesaurus’), es posible revisar si se han añadido accidentalmente diferentes nombres de taxones que el tesauro considere como sinónimos (ver Limpieza Taxonómica a continuación).
2.1. añadir taxones manualmente
Para añadir manualmente registros de especies a su lista, asegúrese de que ‘spp-on’ esté activo (esta opción también debe estar habilitada para editar manualmente cualquier nota para cada entrada, lo que se discutirá en detalle más adelante):
Esto abre un cuadro donde puede comenzar a escribir los nombres de las especies para añadirlos manualmente. Para cada especie, también puede añadir información adicional (rechazo de la familia, hábitat, abundancia, notas, notas internas y fuente):
Cuando se añadan manualmente registros individuales a la lista, es importante no agregar duplicados de la misma especie utilizando nombres diferentes para el taxón.
Por ejemplo, es posible añadir accidentalmente tanto Usnea longissima Ach. como Dolichousnea longissima (Ach.) Articus a la misma lista de especies – aunque estos sean nombres diferentes son exactamente la misma especie-; i.e., ambos taxones están basados en el mismo tipo (= sinónimos homotípicos), simplemente reflejan diferentes opiniones taxonómicas sobre cómo debe nombrarse la especie.
También es posible añadir nombres que el Tesauro Taxonómico trata como sinónimos heterotípicos, es decir, taxones que se basan en diferentes tipos, pero que, no obstante, se consideran sinónimos. Las opiniones taxonómicas cambian con el tiempo y los autores de una lista de especies pueden no estar de acuerdo, por lo que esto proporciona una opción para no seguir los conceptos taxonómicos utilizados por el tesauro.
Por ejemplo, siguiendo la Lichen Flora of the Greater Sonoran Desert Region, el
Tesauro taxonómico incluye a Buellia glaziouana (Kremp.) Müll. Arg. como un sinónimo de Buellia mamillana (Tuck.) W.A. Weber. Los dos taxones se basan en un tipo diferente y podrían considerarse especies distintas (nuevamente: esto es una cuestión de opinión). En algunos casos, los autores pueden deliberadamente no estar de acuerdo, así que tratan a los dos taxones como especies separadas, aunque el tesauro los considere sinónimos.
Cambiar la opción de visualización de ‘Lista original’ a ‘Tesauro Central’ resultará en diferentes estadísticas. La visualización de ‘Lista original’ mostrará un conteo de especies diferente al del ‘Tesauro Central’. Mientras que el ‘Tesauro Central’ solo cuenta el número de nombres aceptados, la ‘Lista original’ cuenta todos los nombres que se han añadido originalmente a la lista por separado, sin importar si son sinónimos o no.
Por lo tanto, cuando se añaden sinónimos como especies separadas sin seguir el Tesauro Central, se recomienda agregar un comentario explicando la diferencia de opinión taxonómica. Sin embargo, en la mayoría de los casos las discrepancias surgen no porque los autores hayan decidido deliberadamente no estar de acuerdo con el Tesauro Central, sino cuando se han añadido accidentalmente duplicados falsos. Entonces, es necesario descargar, comparar y limpiar ambas listas [ver Limpieza Taxonómica a continuación].
2.2. cargar listas por lote
En lugar de añadir especies a la lista de manera manual; es decir, una por una, también es posible cargar una hoja de cálculo completa (= una lista de especies) por lote.
Esa hoja de cálculo puede incluir solo una columna, una simple lista de los nombres a agregar, o puede ser una hoja de cálculo con uno o varios de los siguientes campos:
sciname | family override | habitat | abundance | notes | internal notes | source
El único formato de archivo aceptable que se puede cargar es un archivo de texto con valores separados por comas [extensión de archivo: *.csv]. Para compilar manualmente dicho archivo, se puede usar un editor de texto, separar las columnas con comas y agregar el texto que contenga comas entre comillas. Sin embargo, la mayoría de los programas de hojas de cálculo [e.g., Excel, LibreOffice CALC] permiten guardar archivos directamente como CSV. Para asegurarse de que los símbolos se transcriban correctamente, se recomienda guardar el CSV con codificación UTF-8.
A continuación, se presenta la lista de campos que pueden cargarse por lote [con el tamaño y si se muestra su título]:
sciname = El sciname es el ‘nombre científico’ de una especie sin su autor. Aunque una hoja de cálculo puede incluir los nombres de los autores, durante la carga estos se ignoran. La consecuencia: los homónimos no se distinguen durante la carga. Así que, si se carga un nombre como Caloplaca arizonica E.D. Rudolph [= un sinónimo de Caloplaca pellodella (Nyl.) Hasse] vs. Caloplaca arizonica H. Magn. [= un sinónimo de Gyalolechia epiphyta (Lynge) Vondrák], los dos no se distinguen durante la carga. Si se tiene una buena razón para que los homónimos deban añadirse a una lista, se recomienda hacerlo manualmente. Un ejemplo son los homónimos, para los que aún no se ha publicado un nombre de reemplazo. Por ejemplo, el nombre Herpothallon hyposticticum se publicó dos veces: una vez para una especie que se suponía endémica de Galápagos y también para una especie reportada en Florida. El nombre que se publicó primero, Herpothallon hyposticticum Bungartz & Elix de Galápagos, tiene prioridad taxonómica. El nombre introducido para la especie de Florida, Herpothallon hyposticticum F. Seavey & J. Seavey, es por lo tanto ilegítimo. Pero mientras no se haya publicado un nombre de reemplazo para la especie de Florida, ese taxón sigue figurando en la Lista de América del Norte.
rechazo de la familia (family override)[máx. 50 caracteres, título no mostrado] = Este campo no se muestra, pero puede utilizarse para organizar una lista usando nombres de familias diferentes al Tesauro Central. De este modo, puede que no se acepte la separación de Physciaceae y Caliciaceae sino que se prefiera tratar a ambas como subfamilias de una misma superfamilia. O puede considerarse que el género Ramalina debe figurar en Ramalinaceae, no en Bacidiaceae. En esta sección se puede añadir el nombre de la familia preferida, aunque difiera del Tesauro Central.
Hábitat (habitat) [máx. 500 caracteres, título no mostrado] = Este campo se creó originalmente para mostrar información sobre el hábitat donde se sabe que ocurre una especie. Para las especies incluidas en las listas elaboradas para el Consorcio de Líquenes, el campo de hábitat es suficientemente amplio para incluir las categorías propuestas por Esslinger si un taxón está liquenizado, es un hongo liquenícola, o es un hongo saprófito o aliado [ver ‘Asignar Categorías‘ a continuación].
Algunos registros de hongos liquenícolas incluidos en la Lista de Ecuador:
La categoría de Esslinger ‘liquenícola’ se ha añadido en color utilizando etiquetas html [ver ‘Asignar Categorías‘], por lo tanto el género o especie en la cual se reporta el hongo liquenícola, también se ingresa en el campo de hábitat.
abundancia (abundance ) [máx. 50 caracteres, título no mostrado] = Este campo es relativamente pequeño. Para la Lista de Galápagos se utilizó este campo para distinguir si un taxón se considera endémico, nativo y/o indígena del archipiélago [ver ‘Asignar Categorías‘].
notas (notes) [máx. 2,000 caracteres, título no mostrado] = El campo de notas es suficientemente grande para agregar comentarios detallados sobre un taxón; por ejemplo, si un taxón se considera problemático y por qué (puede ser que solo se haya reportado en la literatura hace muchos años y no existan registros actuales, o porque basaron la identificación de los ejemplares en especímenes cuya identificación sigue siendo dudosa, etc.) [ver ‘Asignar Categorías‘].
Captura de pantalla de la Lista de Ecuador:
Para Acantholichen galapagoensis, se agregó el campo de ‘abundancia’ que contiene el comentario ‘endémico de Galápagos’. En el campo ‘notas’ se incluye una referencia al holotipo y un comentario de que la especie ha sido incluida en la lista roja de la UICN como vulnerable; así como el comentario de que la especie fue previamente reportada de manera erronéa en Galápagos como A. pannarioides. En el campo ‘fuente’ se enlista la literatura relevante, la lista completa de referencias se incluye en un PDF que se puede descargar desde el sitio web [Se pueden usar diferentes colores con etiquetas html, ver ‘Asignar Categorías‘].
notas internas (internal notes) [máx. 250 caracteres, este campo no se muestra en absoluto] = El campo no se muestra y está destinado a comentarios de quienes que solo tienen acceso como los editores de la lista. Generalmente no es muy útil, ya que es ‘invisible’ incluso para los editores, a menos que se abra el formulario de entrada de datos para cada taxón individual (o se descargue toda la lista como una hoja de cálculo). Colaborar en una lista preliminar es generalmente más conveniente para el uso temporal de otros campos para añadir ‘notas de trabajo’ (tal vez etiquetándolas con distintos colores) y borrarlas antes de la publicación, una vez que el problema haya sido resuelto.
Fuente [máx. 1,100 caracteres, el título se muestra como ‘source’] = El campo fuente está destinado a las citas de literatura consultada. Aunque el campo es bastante grande, no es suficiente para agregar referencias completas. Una solución alternativa es usar el formato general para citar las publicaciones en la literatura científica [e.g., Cole & Hawksworth (2001) o Suija et al. (2015)] y mantener un documento separado con la lista completa de referencias, que luego se añadirá para su descarga en formato PDF, una vez que se publique la lista final [ver la Lista de Ecuador (Ecuador Checklist) como ejemplo].
ejercicio #1:
Aquí un ejemplo de un archivo CSV con registros en el formato listo para ser cargado (un archivo CSV con codificación de caracteres UTF-8):
Descargue el archivo, haga una nueva lista vacía y cargue los datos por lote:
Este archivo creará una lista proporcionando algunos ejemplos con el formato, comentarios y categorías en color utilizados en la Lista de Ecuador (asegúrese de configurar las opciones de visualización para mostrar sinónimos, notas y váucheres, autores de taxones y organizar la lista alfabéticamente por género, no por familia):
ejercicio #2:
El archivo CSV anterior es un conjunto de datos limpios utilizando la taxonomía actual del Tesauro Central. Aquí un archivo de prueba que contiene varios nombres de taxones problemáticos:
Este archivo incluye solo dos columnas: sciname | fuente.
Para el ejercicio, haga una nueva lista y carga los datos de este CSV por lote. Aquí está el resultado:
Durante la carga, los autores fueron ignorados. Nueve nombres de taxones no coincidieron con la taxonomía del Tesauro Central. Por ejemplo, la línea 477 del CSV simplemente contiene una ‘x’ en lugar de un nombre científico. Eso, por supuesto, no es un nombre y la ‘x’ se ignora.
Pero otros ocho nombres tampoco coincidieron. Estos nombres son erróneos o incorrectos:
- • Helminthocarpon leprovostii (incorrecto) – Helminthocarpon leprevostii (correcto: el epíteto se escribe con una ‘e’, no con una ‘o’)
- • Heterodermia circinnalis (incorrecto) – Heterodermia circinalis (correcto: el epíteto se escribe con solo una ‘n’, no con dos ‘nn’)
- • Heterodermia polyrrhiza (incorrecto) – Heterodermia polyrhiza (correcto: el epíteto se escribe con solo una ‘r’, no con dos ‘rr’)
- • Hypotrachyna densirrhizinata (incorrecto) – Hypotrachyna densirhizinata (correcto: el mismo error, una ‘r’, no dos ‘rr’)
- • Ochrolechia caespitosus (incorrecto) – el nombre no existe
- • Phyllobaeis erythrellus (incorrecto) – Phyllobaeis erythrella (correcto: el género es femenino y el epíteto, por lo tanto, termina en ‘-a’, no en ‘-us’)
- • Pocsia alvari (incorrecto) – Pocsia alvaroi (correcto: aunque el taxón fue publicado originalmente con ‘alvari’, esta ortografía es un error; la especie fue descrita en honor al botánico mexicano Álvaro Campos y el epíteto debe escribirse como ‘alvaroi’)
- • Usnea florida var. strigusa (incorrecto) – Usnea florida var. strigosa (correcto: el epíteto se escribe con una ‘o’, no con una ‘u’).
Esta lista de taxones problemáticos no se puede resolver debido a los errores en la ortografía de dichos nombres. Los errores ortográficos deben corregirse antes de que estos nombres puedan ser cargados nuevamente.
Durante la carga también ocurren algunos Errores Generales. Esa lista suele estar colapsada, pero al expandirla, muchos de estos errores se deben a nombres repetidos en el archivo CSV. Estos nombres están duplicados (Mensaje de error: ‘entrada duplicada’). Básicamente, durante la carga, los mismos nombres no pueden añadirse dos veces.
Sin embargo, hay una ‘trampa’ con la carga de duplicados; es posible crear duplicados sin darse cuenta al cargar tanto el nombre aceptado como su sinónimo.
Durante la carga por lote de un archivo CSV, hay dos opciones disponibles:
Dejar la Taxonomía tal como está = Esta opción carga la lista de nombres ‘tal cual’ aparecen en el CSV; i.e., exactamente como están, sin tener en cuenta si algunos nombres son considerados por el Tesauro Central como ‘aceptados’ y otros como ‘sinónimos’.
Esto significa que, usando esta opción predeterminada, dos nombres que se refieren al mismo taxón (e.g., Usnea longissima y Dolichousnea longissima) pueden ser cargados, creando así duplicados falsos. Por lo tanto, esta opción solo debe usarse si los autores prefieren deliberadamente ignorar la taxonomía utilizada por el Tesauro Central.
Tesauro Central = Esta opción compara los nombres incluidos en el documento CSV con la taxonomía que se maneja en el Tesauro Central. Para los nombre de las especies que el Tesauro considera sinónimos, solo se cargará el nombre aceptado (incluso si la lista original solo contiene el nombre considerado como sinónimo).
Se debe tener en cuenta que, añadir solo los ‘nombres aceptados’ según el Tesauro Central puede; en algunos casos, resultar en nombres con los que el autor de la lista podría no estar de acuerdo. Así, en el ejemplo anterior, es en gran medida una cuestión de opinión si Usnea longissima o Dolichousnea longissima es el nombre preferido para este taxón.
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3. Herramienta de Váucher (Voucher Tool)
Todas las listas se basan en última instancia en reportes de especies de un país o región en particular. Tradicionalmente, la mayoría de estas listas se han compilado a partir de especies reportadas en la literatura. Sin embargo, estos reportes pueden ser difíciles de verificar: ¿Ha cambiado la taxonomía? ¿Se pueden rastrear los ejemplares reportados? ¿Son correctas las identificaciones de estos ejemplares?
Symbiota proporciona herramientas para elaborar listas de especies añadiendo registros de los ejemplares disponibles en el Consorcio. Estos ejemplares de referencia se llaman váucheres (‘vouchers’). La idea es que no se agregue cualquier registro de ejemplares a una lista, sino solo aquellos taxones para los que se hayan revisado los ejemplares váucheres y se pueda confiar en las identificaciones.
Acceder a la Herramienta de Váucher con el botón ‘V’:
La primera vez que se utiliza la Herramienta de Váucher, es necesario definir una consulta para determinar qué ejemplares se obtendrán para ser añadidos a una lista:
Generalmente, se recomienda utilizar parámetros de búsqueda bastante amplios; en el ejemplo anterior, la consulta mostrará todos los ejemplares del país de Ecuador, de todas las colecciones en el Consorcio.
Es posible reducir aún más estos criterios de consulta, por ejemplo, solicitar solo registros de colecciones específicas o enfocándose en grupos taxonómicos particulares, como familias o géneros. La consulta también se puede restringir solo a aquellos registros que tienen coordenadas y, por lo tanto, aparecerán en un mapa de distribución. También se puede definir un cuadro delimitado o un polígono que defina un área o región geográfica específica [A diferencia de las plantas vasculares, los líquenes generalmente no se cultivan, por lo que esa casilla es irrelevante].
Reducir los parámetros de consulta puede ser útil para desglosar el flujo de trabajo para seleccionar los váucheres, sobre todo cuando el número de ejemplares obtenidos pueda ser abrumador. Así es posible; por ejemplo, revisar primero solo un grupo taxonómico particular de una región de interés. Esto también puede ser útil cuando colaboran taxónomos con diferentes especialidades. Un autor puede revisar todos los registros de Graphidaceae, mientras que otro trabaja en un grupo diferente. Dado que los parámetros de la consulta no se pueden guardar individualmente por usuario, esto requiere algo de coordinación si los usuarios trabajan en una lista de manera concurrente.
3.1. verificar identificaciones y váucheres seleccionados
El concepto de utilizar los registros de ocurrencia del Consorcio como váucheres, asume que, en general, no se puede confiar en que todos los registros han sido identificados correctamente. Por lo tanto, el ejercicio de añadir váucheres a una lista de especies supone que los autores han tenido la oportunidad de revisar el material, o agregar solo váucheres donde confíen razonablemente en que la identificación es correcta. De lo contrario, se debe añadir un comentario en las notas explicando por qué se ha añadido un registro dudoso o problemático [ver ‘Asignar Categorías‘].
Una vez definida una consulta, se muestra en la pantalla una serie de pestañas con varias listas:
Taxones Sin Váucher: Cuando los taxones hayan sido añadidos manualmente a una lista o si se cargaron por lote, ninguno de los nombres de los taxones incluidos en la nueva lista estará basado en váucheres. La primera pestaña presenta una lista de taxones para los cuales no hay váucheres disponibles (aún). El ícono de cadena ejecuta una consulta donde se pueden añadir váucheres, si es que hay registros de ocurrencia disponibles para ese taxón en particular.
Hay tres modos de visualización disponibles:
- ‘Taxones Sin Váucher’ (predeterminado) IMPORTANTE – al vincular taxones manualmente usando el ícono de la ‘cadena’ se ignora la taxonomía del Tesauro Central; por lo tanto, es mejor evitar esta opción predeterminada.
- ‘Ocurrencias para Taxones Sin Váucher’ = ver en una tabla es un modo mucho más conveniente para añadir váucheres. IMPORTANTE – revisar la información del ejemplar de una manera detallada y cuidadosa antes de añadir los ejemplares váucheres [y es mejor añadir váucheres solo utilizando la taxonomía actual del Tesauro Central, ver abajo].
- ‘Nuevas Ocurrencias para Todos los Taxones’ = es una tabla de váucheres para los taxones ya incluidos en la lista, donde se pueden añadir váucheres adicionales.
Taxones Faltantes = Esta pestaña presenta una lista de taxones para los cuales se han encontrado registros de ocurrencia (= ejemplares) [basado en los criterios de búsqueda de la consulta], pero estos taxones (aún) no están incluidos en la lista. De nuevo, el ícono de cadena mostrará una lista de registros de ocurrencia que pueden ser añadidos individualmente.
Hay tres modos de visualización disponibles:
- ‘Lista de Especies’ (predeterminado) IMPORTANTE – vincular taxones manualmente usando el ícono de ‘cadena’ ignora la taxonomía del Tesauro Central; por lo tanto, es mejor evitar esta opción predeterminada.
- ‘Vinculación por Lote’ = una vista en tabla que permite seleccionar solo váucheres específicos como evidencia confiable de que un taxón debe ser reportado en el área. IMPORTANTE – revisar cuidadosamente la información detallada del ejemplar antes de añadir váucheres [y es mejor añadir váucheres solo utilizando la taxonomía actual del Tesauro Central, ver abajo].
- ‘Taxones Problemáticos’ = una tabla de posibles coincidencias (basada en la consulta), donde la identificación de los registros de ocurrencia no coincide con ningún taxón en el Tesauro Taxonómico [antes de volver a vincular estos ejemplares a identificaciones no incluidas en el tesauro taxonómico, se recomienda contactar al administrador del Consorcio si los nombres de taxón deben ser añadidos, o al encargado de colecciones de una colección en particular, si los registros de nombres son erróneos y necesitan ser actualizados usando el limpiador de nombres taxonómicos].
Conflictos con el Váucher: Los conflictos surgen cuando las identificaciones de los registros de ocurrencia cambian. Esto puede suceder por razones nomenclaturales, por ejemplo, cuando una especie se coloca en un nuevo género. También pueden ocurrir cuando una especie previamente aceptada se reduce a sinónimo. Y esto sucede cuando se examina el material y la identificación de un ejemplar se revisa/corrige.
Un cambio simple en la taxonomía (i.e., colocar una especie en un nuevo género) no se marcará como un ‘conflicto con váucher’, pero cuando la identificación de un ejemplar cambia y ya no coincide con el nombre en la lista, estos cambios se enumeran aquí:
Añadir Imágenes como Váucher: Para líquenes no se recomienda usar esta pestaña. Las identificaciones confiables de especies no son posibles basándose en registros de imágenes.
Reportes: Además de las opciones generales para descargar una lista de especies en formato CSV, imprimir la lista en el navegador o descargarla como un documento de Word, en la pestaña ‘reportes’ se añaden formatos de descarga más sofisticados:
3.2. agregar especies usando la ‘taxonomía actual’
Como se discutió anteriormente, es posible crear una lista añadiendo taxones manualmente, incluso si el Tesauro Central los considera sinónimos. Esto resulta en una lista en donde los números en la ‘lista original’ y los del ‘Tesauro Central’ no coinciden. Las diferencias pueden ser bastante notables, en el siguiente ejemplo se tienen 3,139 vs. 2,840 especies, lo que significa que la ‘lista original’ enumera 299 especies más de las aceptadas por el Tesauro Central:
Cuando se carga una hoja de cálculo CSV por lote, es posible hacer coincidir la lista de especies incluida en la hoja de cálculo con la taxonomía del Tesauro Central. Esta opción también está disponible cuando se añaden registros utilizando la Herramienta de Váucher.
En el siguiente ejemplo, los taxones se agregarán a la lista de Bolivia basándose en los váuchers revisados, pero en lugar de añadir la identificación actual del registro de ocurrencia (= ejemplar), los registros se añaden siguiendo la taxonomía empleada en el Tesauro Central.
Atención: Es importante tener en cuenta que Symbiota sigue el formato DarwinCore utilizando el Calificador de Identificación (Identification Qualifier) para tratar con las identificaciones inciertas. Abreviaciones comúnmente usadas como ‘cf.’, ‘agg.’, ‘s.str.’, ‘s.l.’ actualmente no se incluyen en ninguna de estas listas. Se debe evaluar si un registro de ocurrencia específico (= ejemplar) debe ser añadido como váucher, ya que esta información es muy relevante.
Así, una identificación de una especie anotada como ‘cf.’ (latín para ‘confer’ = comprar con…) debe considerarse incierta. Además, hay una diferencia si un nombre ha sido usado para referirse a un grupo de especies (‘agg.’), en términos más amplios (‘s.l.’) o en sentido estricto (‘s.str.’). Si se añaden taxones basados en váuchers cuya identidad no está resuelta, es recomendable añadir un comentario para aclarar por qué estos reportes pueden ser considerados preliminares o incluso problemáticos [ver ‘Asignar Categorías‘].
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4. Ejemplares Tipo
(especies descritas de un país)
Los taxones descritos originalmente de un país o región particular deben ser incluidos en una lista de especies para ese país o región. Los repositorios taxonómicos como Index Fungorum o Mycobank incluyen información detallada sobre los ejemplares tipo. Para las especies nuevas descritas recientemente, el registro es obligatorio, por lo tanto esa información suele estar disponible, aunque cada vez lo está también para las especies descritas hace mucho tiempo.
Trabajando en la Lista de especies de Ecuador y la Lista de México, Paul Kirk de Index Fungorum, amablemente proporcionó una hoja de cálculo con la información detallada de los ejemplares tipo de los hongos descritos de estos países.
4.1. decidir cuáles son líquenes/liquenícolas/hongos asociados
Index Fungorum o Mycobank no distinguen entre los diferentes estilos de vida u hongos, si las especies son liquenizadas, liquenícolas o acaso hongos de estatus incierto comúnmente estudiados por liquenólogos. Algunos géneros (e.g., Arthonia) incluyen especies liquenizadas, liquenícolas y no liquenizadas. Las listas de ejemplares tipo obtenidas de estos repositorios generalmente necesitan ser revisadas; las especies de hongos no liquenizados no deben incluirse en una lista de hongos liquenizados, aun cuando estas especies se hayan descrito originalmente en el país de interés.
Aquí la lista original proporcionada por Paul Kirk de especies de hongos descritos de Ecuador (es decir, donde se recolectaron los ejemplares tipo en ese país):
En una versión posterior de la misma hoja de cálculo se ha insertado una columna adicional nombrada ‘Hongo’ (‘Fungus’). Las especies que son liquenizadas, liquenícolas u hongos aliados incluidos en la lista de Ecuador están resaltadas en verde (#2), las que no deben incluirse están en amarillo (#1):
Para la Cumulative Checklist for the Lichen-forming, Lichenicolous and Allied Fungi of the Continental United States and Canada‘ Ted Esslinger distingue tres categorías de hongos que no están liquenizados en el sentido estricto:
* = hongos liquenícolas (parásitos de líquenes vivos)
+ = hongos saprófitos relacionados con líquenes u hongos liquenícolas, en varios sustratos
# = varios hongos de estatus extraño o incierto: e.g., aquellos que son cuestionable o débilmente liquenizados; o algícolas/saprófitos; o parásitos cuando jóvenes pero saprófitos o formadores de líquenes cuando maduros; o líquenes liquenícolas.
Se recomienda que estas categorías también se utilicen al compilar listas similares para países distintos a Estados Unidos [ver ‘Asignar Categorías‘].
4.2. formato estandarizado de las citas de los ejemplares tipo
En la hoja de cálculo de Index Fungorum, la columna M incluye ‘Detalles de Tipificación’ ‒ generalmente se incluye el acrónimo de la colección donde se ha depositado el holotipo, seguido del colector y número de colecta, y, si está disponible, el número de catálogo del ejemplar. Para algunos taxones esta información puede estar incompleta; la ubicación donde se ha depositado el material tipo puede ser desconocida y posiblemente no se indicó cuando se describió el taxón. Para esos registros puede ser necesaria una investigación adicional revisando el protólogo.
Si un ejemplar tipo está disponible en una colección participante en el Consorcio, puede ser posible actualizar los ‘Detalles de Tipificación’ a partir de ese registro. Así, para Redonographa galapagoensis, la hoja de cálculo simplemente cita ‘Holotipo CDS 29421’, donde CDS es el acrónimo del herbario de la Estación Científica Charles Darwin en Galápagos y 29421 es el número de catálogo del ejemplar, pero como el material fue recolectado por Bungartz con el número de colector 5208, en la Lista de Especies de Ecuador se incluye el ejemplar tipo como …
Holotype: Bungartz 5208 [CDS 29421]
use el siguiente código html <font color=c2660b>Holotype: Bungartz 5208 [CDS 29421]</font>
… mientras que para la Lista de Especies de Galápagos se añadió la información completa del ejemplar:
Type: Ecuador. Galápagos: Isla Santiago, ca. 5 km inland from the E-coast; 0° 16′ S, 90° 37′ W; Bungartz 5208 (CDS 29421 ‒ holotype!); previously reported as Carbacanthographis saxiseda (Bungartz et al., 2010) but was found to represent an undescribed taxon (Lücking et al. 2013)
… usando nuevamente el mismo código html para aplicar las etiquetas de color [ver ‘Asignar Categorías‘].
4.3. aspectos taxonómicos de los ejemplares tipo citados
La taxonomía sigue cambiando. Los tipos permanecen conectados al nombre original, el basónimo – incluso si ese taxón es transferido a otro género (sinónimo homotípico) o si ahora se considera sinónimo de una especie diferente (sinónimo heterotípico).
Así, Allographa pedunculata fue originalmente descrita de Galápagos como Graphis pedunculata [sinónimos homotípicos]; el ejemplar tipo para ambas sigue siendo el mismo: Holotype: Bungartz 5701 [CDS 28799].
Para los sinónimos heterotípicos es importante incluir un comentario que indique que el tipo citado se refiere estrictamente solo a un taxón particular, el cual ahora se considera sinónimo del nombre incluido en la lista.
Por ejemplo, Dirina approximata es el nombre actual para una especie endémica de Galápagos. Fue originalmente descrita de Galápagos basada en el siguiente ejemplar tipo:
Ecuador, Galapagos Islands: I. Seymour (South Seymour Island), 1929, Albert W.C.T. Herre s. n. [W—lectotype selected by Tehler 1983); B, BM, G, GBG, H, KASSEL, L, LD, M, NY, S-L6, UC, UPS—isolectotypes; no type material in COLO]
Tehler et al. (2013) sugieren que Dirina herrei, también descrita de Galápagos, se refiere a la misma especie y, por lo tanto, debe considerarse un sinónimo. Sin embargo, el ejemplar tipo de D. herrei es diferente:
Galapagos, I. Santa Maria (Charles Isl.) Post Office Bay, 1929, Albert W.C.T. Herre s. n. [LD—lectotype selected by Tehler (1983); UPS—isolectotype and distributed as Zahlbr. Lich Rar. Exs. n. 269 in B, W; no type material in COLO]
En la Lista, la especie se enumera de la siguiente manera:
_______________________________________________________________________________________
5. Literatura:
Tradicionalmente, las listas de especies se publican después una revisión exhaustiva de los taxones publicados en la literatura científica. Las herramientas actualmente integradas en Symbiota son lamentablemente inadecuadas. Ahora, para cada taxón registrado la ‘fuente’ (i.e., un campo de texto simple) proporciona espacio para ingresar las citas de la literatura, y también es posible incluir una lista de referencias en formato PDF.
Se espera que las versiones futuras gestionen los registros bibliográficos de una manera más sofisticada (la infraestructura para manejar la literatura ya se ha incorporado a la base de datos respaldada de Symbiota, pero la interfaz de usuario para citar y gestionar la literatura sigue en desarrollo).
Mientras no estén disponibles herramientas más sofisticadas, se puede utilizar la siguiente solución alternativa:
5.1. revisar publicaciones de registros de especies que deben añadirse a la lista manualmente
‘Recent Literature Lichens‘ (RLL) es uno de los repositorios de literatura más completos de publicaciones sobre líquenes. Una búsqueda rápida con la palabra clave ‘México’, arroja 646 registros de publicaciones sobre líquenes en México.
Estas referencias obtenidas de RLL se pueden descargar y luego se deben revisar las publicaciones.
Los registros en RLL a menudo incluyen palabras clave, como ‘New: Ramalina asahinae sp. nov.’, lo que sugiere que esta nueva especie fue recientemente descrita en el siguiente artículo (obvio también a partir del título):
Culberson, W.L. & Culberson, C.F. (1976) Ramalina asahinae, a new boninic acid-producing species from Mexico. Journal of Japanese Botany 51: 374-376.
Sin embargo, en muchas publicaciones no es evidente si una especie en particular ha sido citada en México. Por ejemplo, ‘Lichen Flora of the Greater Sonoran Desert Region’ abarca tanto parte de EE.UU. (del sur de California y Arizona), pero también porciones de México (Baja California, Baja California Sur, Sonora, porciones de Sinaloa y Chihuahua). Por lo tanto, una referencia como esta:
D. Ertz & Diederich, P. (2007) Plectocarpon. In: T. H. Nash, III, C. Gries & Bungartz, F.: Lichen Flora of the Greater Sonoran Desert Region. Volume 3. Lichens Unlimited, Arizona State University, Tempe, pp. 402-403.
…necesita ser revisada en detalle para evaluar si las especies tratadas allí fueron reportadas efectivamente de México [en este caso, ambas especies de hongos liquenícolas del género Plectocarpon citadas de la Región Sonorense se conocen únicamente de California y no se han reportado en México].
Este tradicional trabajo de revisar publicaciones para reportes de especies puede ser tedioso, pero es un aspecto importante de la investigación para compilar listas. Idealmente, la evidencia de por qué un taxón está reportado en una región o país debería ser combinada: basándose tanto en la citación de los váuchers de los ejemplares (como un registro que puede ser verificado), como en las citas en la literatura científica (para documentar lo que se ha reportado previamente; en última instancia, muchas publicaciones también incluyen referencias a los ejemplares que documentan por qué un taxón ha sido reportado en dichas publicaciones).
Revisando la lista de publicaciones descargadas de la RLL, las siguientes categorías pueden ser útiles (sugerimos resaltar las entradas de referencia utilizando los siguientes colores):
Hecho = los taxones citados en la literatura ya han sido añadidos a la lista de especies; la literatura ha sido citada tanto en las ‘notas’ como en la lista de referencias.
Por hacer = literatura que aún necesita ser revisada, cuyos taxones han sido citados.
Problemático = registros dudosos; la publicación no cita ningún ejemplar, el registro de la literatura es antiguo y puede que no sea claro a qué taxón se refieren específicamente estos registros ‒ si el registro se añade a la lista de especies, debería etiquetarse como problemático o preliminar con un comentario sobre por qué este registro sigue siendo dudoso [ver ‘Asignar Categorías‘].
[De Lista “Hija”] = Registros de una Lista ‘Hija’ que serán incluidos en la lista principal; esto normalmente ocurre automáticamente, ya que la lista ‘hija’ alimenta a la lista principal; sin embargo, muchas veces es necesario revisar que no haya discrepancias de datos entre ambas listas]
Duplicados = la misma publicación está mencionada dos veces; solo se necesita revisar y compilar la lista final de referencias, obviamente solo se debe incluir una de las citas duplicadas.
Irrelevante = la publicación trata temas no relevantes para la biodiversidad (por ejemplo, estudios fisiológicos sobre líquenes; sin embargo: a veces las especies pueden ser reportadas por primera vez en un país o región en un artículo cuyo enfoque principal no sea la biodiversidad).
No disponible = no se pudo encontrar una copia de la publicación (frecuentemente es difícil encontrar la literatura original; por lo que mandar un mensaje en la lichen listserv (la lista de correos de los liquenólogos) solicitando apoyo puede ser útil).
5.2. crear una lista de referencias estandarizada
Actualmente, se están desarrollando herramientas que facilitan la adición de citas bibliográficas a una lista de especies. Esto significa que se pueden agregar las referencias para cada taxón utilizando el campo ‘fuente’. Aquí, las citas deben ingresarse de la manera en que comúnmente se citan en la literatura, ej.:
Una lista de referencias completa puede compilarse por separado; para mantener la consistencia, sugerimos usar el siguiente formato:
Cómo citar …
… referencias en revistas:
Ahti, T. (2000) Cladoniaceae. Flora Neotropica 78: 1-362.
Andersson, N.J.(1855) Om Galápagos Öarnes Vegetation. Kongliga Svenska Vetenskaps Akademien Handl. 2: 61-256.
Aptroot, A. & Bungartz, F. (2007) The lichen genus Ramalina on the Galapagos. Lichenologist 39(6): 519-542.
Bungartz, F., Elix, J.A., Yánez-Ayabaca, A. & Archer, A.W. (2015) Endemism in the genus Pertusaria (Pertusariales, lichenized Ascomycota) from the Galapagos Islands. Telopea 18: 325-369 (http://dx.doi.org/10.7751/telopea8895).
Dal-Forno, M., Bungartz, F., Yánez-Ayabaca, A., Lücking, R. & Lawrey, J.D. (2017) High levels of endemism among Galapagos basidiolichens. Fungal Diversity 85(1): 45–73 (http://dx.doi.org/10.1007/s13225-017-0380-6 ).
… actas científicas:
Darbishire, O.V. (1935) The Templeton Crocker Expedition of the California Academy of Sciences, 1932. No. 23: The Roccellaceae with Notes on Specimens Collected During The Expedition of 1905-06 to the Galapagos Islands. Proceedings of the Californian Academy of Sciences, 4th Series, 21(23): 285-294.
… recursos en línea:
Bungartz, F. (2018) Acantholichen galapagoensis. The IUCN Red List of Threatened Species 2018: e.T95836378A95838134 (http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2018-2.RLTS.T95836378A95838134.en); accessed 31 Oct 2018
Bungartz, F., Ziemmeck, F., Yánez Ayabaca, A., Nugra, F. & Aptroot, A. (2013d) CDF Checklist of Galapagos Lichenized Fungi. In: Bungartz, F., Herrera, H., Jaramillo, P., Tirado, N. Jiménez-Uzcátegui, H., Ruiz, D., Guézou, A. & Ziemmeck, F. (eds.) Charles Darwin Foundation Galapagos Species Checklist. Charles Darwin Foundation, Galapagos (http://checklists.datazone.darwinfoundation.org/true-fungi/lichens/); accessed 3 Dec 2013.
Kirk, P. (ed.) (2010) Index Fungorum. CABI Bioscience, CBS and Landcare Research (www.indexfungorum.org); accessed 25 Jan 2010.
… libros completos:
Brodo, I.M., Duran Sharnoff, S., & S. Sharnoff (2001) Lichens of North America. Yale University Press, New Haven & London. 795 pp.
… capítulos de libros:
Clerc, P. (2008) Usnea. In: T. Nash III, C. Gries & F. Bungartz (eds.) Lichen Flora of the Greater Sonoran Desert Region, Vol. III. Arizona State University, Tempe, pp. 302-335.
Diederich, P. (1995) New or interesting lichenicolous fungi VI. Arthonia follmanniana, a new species from the Galapagos Islands. In: Daniels, F.J.A., Schultz, M. & Peine, J. (eds.) Flechten Follmann. Contributions to Lichenology in Honour of Gerhard Follmann. University of Cologne, Cologne, pp. 179-182.
Grube, M. (2007) Arthonia. In: Nash III, T.H., Gries, C. & Bungartz, F. (eds.) Lichen Flora of the Greater Sonoran Desert Region, Vol. III, Arizona State University, Tempe, pp. 39-61.
… secciones de una revista:
Dodge, C.W. (1935) Lichenes. In: H.K. Svenson: Plants of the Astor Expedition, 1930 (Galápagos and Cocos Islands). American Journal of Botany 22(2): 221.
Descargar un ejemplo de una Lista de Referencias en PDF de la Lista de Especies de Ecuador.
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6. Limpieza Taxonómica
Como se explicó anteriormente, hay muchas razones por las que existen discrepancias entre la ‘Lista Original’ (‘Original Checklist’) y el ‘Tesauro Central’ (‘Central Thesaurus’) que resultan en diferentes números de especies desplegadas.
Retomando aquí el ejemplo previo donde la ‘Lista Original’ contiene 3,139 especies pero el ‘Tesauro Central’ solo reporta 2,840 species ‒esa enorme diferencia de casi 300 taxa incluidos en la lista original, son considerados como sinónimos por el ‘Tesauro Central’:
La mayor parte de estas discrepancias se presentan cuando las especies son añadidas manualmente (por ejemplo, basadas en la literatura), sin percatarse que los nombres han cambiado. Solo rara vez reflejan opiniones distintas, i. e., autores que no están de acuerdo con la sugerencia del ‘Tesauro Central’ de que dos especies sean consideradas sinónimos.
En la mayoría de los caso es necesario revisar y resolver estas diferencias.
6.1. cómo resolver las discrepancias taxonómicas
Para moverse entre la ‘Lista Original’ (‘Original Checklist’) desplegada y la del ‘Tesauro Central’ (‘Central Thesaurus’), las dos versiones pueden descargarse como archivos CVS usando botón de descarga:
Estos dos archivos CVS también incluyen información irrelevante para el ejercicio de limpieza. Copie las columnas del ScientificName (Nombre Científico) de cada uno de los archivos (‘Lista Original’ y ‘Tesauro Central’) y en una hoja de cálculo nueva y péguelas lado a lado. La primera columna (1) incluye ahora los 3,139 de la ‘Lista Original’ y la segunda (2) una lista de 2,840 nombres del ‘Tesauro Central’.
En un paso siguiente, revise qué nombres aparecen tanto en la ‘Listas Original’ como la lista del ‘Tesauro Central’. Los nombres que se encuantran solamente en la columna 1 (‘Lista Original’), pero ausentes de la columna 2 (‘Tesauro Central’) deben ser considerado duplicados (en amarillo).
Por ejemplo, el ‘Tesauro Central’ trata Acarospora rhabarbarina como sinónimo de Acarospora xanthophana. Por lo tanto, el nombre Acarospora xanthophana aparece tanto en la columna de la Lista ‘Original’ como en la lista del ‘Tesauro Central’.
Así, en la siguiente tabla, así agregamos una tercera columna ‘Comments’ (‘Comentarios’) para los nombres aceptados que coresponden a sinónimos duplicados en la lista original:
En la ‘Lista Original’ Acarospora rhabarbarina también esta mencionada como Acarospora xanthophana, aunque el ‘Tesauro Central’ trata a A. rhabarbarina como sinónimo de A. xanthophana. Aderkomyces albostrigosus debería aparecer solo como Spinomyces albostrigosus. Y Alectoria loxensis es sinónimo de Oropogon loxensis:
Los nombres de los taxa, los detalles, notas y váucheres pueden transferirse fácilmente a través del panel ‘Detalles’ (‘Details’) (accesible al presionar el símbolo de bolígrafo), asi limpiando la ‘Lista Original’:
Limpiar una lista grande con muchas discrepancias puede ser incómodo; por lo que es mejor revisar los nombres de los taxones antes de agregarlos manualmente. Para cargar nombres por lotes a partir de un archivo CSV seleccione ‘Carga por lote‘ y la ‘Herramienta de Váucher‘ para agregar nombres de acuerdo al ‘Tesauro Central’.
6.2. revisar los repositorios taxonómicos
Sin embargo, algunas discrepancias pueden ser difíciles de evitar. El Tesauro Central de la taxonomía no es perfecto. A menudo, los nombres tienen que ser checados en el Index Fungorum y/o Mycobank, aun así estos repositorios están lejos de ser completos. Por lo tanto, en muchas instancias es necesario consultar la literatura original y/o a expertos.
Algunas discrepancias necesariamente reflejan opiniones taxonómicas distintas.
Un ejemplo:
Caloplaca arizonica fue descrita dos veces, primero por Magnusson (1944), basado en un ejemplar tipo colectado por Dy Rietz en Arizona, pero Rudolph (1953) introdujo el mismo nombre basado en una recolecta de Darrow.
Caloplaca arizonica H. Magn. es un nombre válido, tiene prioridad. Caloplaca arizonica E.D. Rudolph es ilegítimo, fue publicado después que el nombre de Magnusson.
Index Fungorum (Species Fungorum) sugiere que C. arizonica H. Magn.debería ser considerada sinónimo de Opeltia arizonica (H. Magn.) S.Y. Kondr. & Lőkös, colocada en ese género cuando Kondratyuk et al. (2017) propusieron el nuevo género Opeltia.
Sin embargo, Kondratyuk et al. (2017) no notaron que Vondrák et al. (2016) propusieron reducir Caloplaca arizonica H. Magn. como sinónimo de Gyalolechia epiphyta (Lynge) Vondrák.
A diferencia de Species Fungorum, el Tesauro Taxonómico del Consorcio de Líquenes sigue el concepto taxonómico propuesto por Vondrák et al. (2016) y por lo tanto considera a Caloplaca arizonica H. Magn. y Opeltia arizonica (H. Magn.) S.Y. Kondr. & Lőkös como sinónimos de Gyalolechia epiphyta (Lynge) Vondrák:
Ahora, qué pasó con el homónimo ilegítimo Caloplaca arizonica E.D. Rudolph. Este representa una especie completamente diferente, basada en un tipo diferente. Resulta que el material tipo disponible en ASU checa bien con Caloplaca pellodella (Nyl.) Hasse, por lo que el nombre ilegítimo es tratado por el ‘Tesauro taxonómico’ como un sinónimo de esta especie:
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7. Asignación de Categorías
Agregar información detallada a un taxón de una lista es una manera poderosa de clarificar varios aspectos concernientes a la forma de vida del organismo, su origen y si puede ser considerado como amenazado. También puede ser útil añadir comentarios, por qué el registro puede ser incluido como ‘preliminar’ o por qué es considerado ‘problemático’. Para especies descritas por primera vez para un país, es conveniente saber en dónde está depositado el ejemplar tipo.
Están disponibles diferentes campos para ingresar esta información y se pueden usar etiquetas html de color para diferenciar aspectos destacados. Para la lista de Ecuador utilizamos las siguientes categorías con códigos de color:
7.1 referencias de ‘ejemplares tipo’
Para una discusión más detallada de cómo incluir información sobre los Ejemplares Tipo ver la sección de ‘Ejemplares Tipo’ (Type Specimens‘) (ingrese la información del tipo en el campo ‘Notas'(‘Notes’): problematic/preliminary (problemátic/preliminar), type comment (comentario sobre el tipo), IUCN y luego otras notas):
Holotype: Dal Forno 1205 [CDS 44756]
[para las lista de distribucion internacional la recomendación es utilizar el texto en inglés]
Use el siguiente código html:
<font color=c2660b>Holotype: Dal Forno 1205 [CDS 44756]</font>
7.2 taxa incluidos en las listas que son ‘liquenícolas’ o ‘aliados’
Para la ‘Cumulative Checklist for the Lichen-forming, Lichenicolous and Allied Fungi of the Continental United States and Canada‘ Ted Esslinger distingue tres categforías de hongos que en sentido estricto no son liquenzados. Se recomienta que estas categorías también se utilicen cuando se compilen listas similares para países distintos a Estados Unidos.
Los símbolos usados en la lista de Esslinger para marcar los nombres de las especies son: (* | + | #). Para la lista de Ecuador decidimos utilizar una declaración completa explicando estas categorías, usando diferentes colores (ingrese estas etiquetas en el campo ‘Hábitat’ (‘Habitat’):
hongos liquenícolas
* = lichenicolous fungi (parasites on living lichens)
[ * = hongos liquenícolas (parásitos en líquenes vivos); para las lista de distribucion internacional la recomendación es utilizar el texto en inglés]
Use el siguiente código html:
<font color=#CC9933>* = lichenicolous fungi (parasites on living lichens)</font>
El sustrato, i. e., el liquen donde crece ese hongo liquenícola puede ser agregado así:
… usando las etiquetas html para desplegar el nombre en cursivas
saprobios
+ = saprophytic fungi related to either lichens or lichenicolous fungi, on various substrates
[ + = hongos saprobios relacionados ya sea a líquenes u hongos liquenícolas en varios sustratos; para las lista de distribucion internacional la recomendación es utilizar el texto en inglés]
Use el siguiente código html:
<font color=#6e2c00 > + = saprophytic fungi related to either lichens or lichenicolous fungi, on various substrates</font>
hongos aliados
# = various fungi of uncertain status: e.g.: those which are questionably or weakly lichen-forming; or algicolous/saprophytic; or parasitic when young but saprophytic or lichen-forming when mature; or lichenicolous lichens
[ # = varios hongos de estato incierto: e. g.: aquellos que son cuestionable o débilmente liquenizados, o algícolas/saprofíticos; o parásitos cuando jóvenes pero saprobios o liquenizados cuando maduros; o líquenes liquenícolas; ; para las lista de distribucion internacional la recomendación es utilizar el texto en inglés]
Use el siguiente código html:
<font color= #641e16> # = various fungi of uncertain status: e.g.: those which are questionably or weakly lichen-forming; or algicolous/saprophytic; or parasitic when young but saprophytic or lichen-forming when mature; or lichenicolous lichens</font>
7.3. endémico/nativo/indígena
Para ecosistemas insulares, cadenas montañosas aisladas o regiones únicas de otra manera, es útil indicar si la especie es considerada ‘endémica‘, i.e., solo encontrada en esa área específica. Especies no nativas, sino ‘introducidas’ a un área donde naturalmente no ocurren pero que son de interés para la conservación. Son consideradas ‘invasoras‘ si alteran drásticamente el ecosistema, compitiendo y amenazando a las especies nativas.
Para los hongos liquenizados cualquier evaluación si las especies son endémicas, nativas/indígenas o introducidas puede ser difícil, ya que su distribución todavía es menos conocida que para otros grupos de organismos. Es recomendable agregar estas categorías a una lista y también añadir un comentario en el campo ‘Notas’ (‘Notes’) (por ejemplo, para qué área es una especie considerada endémica, o si actualmente la especie solo es conocida de un área particular, pero probablemente su distribución sea más amplia). Si es necesario, los siguientes términos pueden ser modificados como corresponda, e.g., ‘discutiblemente endémica’ o ‘presuntamente introducida’ (use el campo ‘Abundancia’ (‘Abundance’):
native/indigenous
Use el siguiente código html: <font color=green>native, indigenous</font>
[para las lista de distribucion internacional la recomendación es utilizar el texto en inglés]
Debido a que las especies endémicas también son nativas del área donde son conocidas, el término ‘indígena’ es utilizado ocasionalmente para enfatizar que esa especie es nativa pero no endémica.
endemic to …
[si se refiere a un área más confinada que la región cubierta por la lista, especificar de dónde se refiere dicha categoría, por ejemplo: endemic to the Galapagos; para las lista de distribucion internacional la recomendación es utilizar el texto en inglés]
Use el siguiente código html: <font color=124dac>endemic to …</font>
Use esta categoría con precaución: Los registros históricos que no están bien documentados no deberán considerarse como endémicos. Las especies que solo han sido descritas recientemente y que probablemente pueden ser encontradas en un área mayor, probablemente tampoco sean endémicas. Las especies cuya taxonomía no ha sido resuelta no deberán ser tratadas como endémicas.
introduced [invasive]
Use el siguiente código htlm: <font color=red>introduced</font>
[para las lista de distribucion internacional la recomendación es utilizar el texto en inglés]
Use esta categoría con precaución: Para la mayoría de los hongos liquenícolas, parece ser muy probable que una especie haya sido introducida a un hábitat particular. Los hongos liquenizados raramente son usados de manea comercial (e.g., pocos líquenes de los renos son vendidos como ornamentales; en India especies de Parmotrema son usadas como especias, algunas como tintes, en perfumes o como remedios naturales). Los líquenes tampoco pueden ser cultivados. De tal manera que no hay casos documentados de introducciones deliberadas e intensionales. Claro que es posible que algunas especies fueran introducidas accidentalmente, pero aún así, no hay casos documentados donde se asuma que especies de líquenes como invasoras alteren significativamente un ecosistema.
7.4. Evaluaciones de la IUCN
Referirse a la Lista Roja Global de la IUCN para consultar estas evaluaciones. Es útil no solo mencionar las categorías de evaluación [datos insuficientes (DD) | preocupación menor (LC) | casi amenazado (NT) | vulnerable (VU) | en peligro (EN) | en peligro crítico (CR) | extincto en estado silvestre (EW) | extincto (E)], sino también los criterios aplicados (consultar las Directrices de la IUCN); ingrese en el campo ‘Notas’ (‘Notes’): problemático/preliminar:, información sobre el tipo, IUCN, y otra informacion]:
IUCN: Vulnerable B1ab(iii)+2ab(iii)
Use el siguiente código html: <font color=cf2e2e>IUCN: Vulnerable B1ab(iii)+2ab(iii)</font>
[Nota: para algunos países se han publicado evaluaciones regionales; en estos casos es importante especificar si las especies están amenazadas globalmente o son consideradas amenzadas solo en la región de la lista.]
7.5. problemático y preliminar
(use el campo ‘‘Notas’ (‘Notes’): problemático/preliminar:, información sobre el tipo, IUCN, y otra informacion:)
Las categorías ‘problemático’ y ‘preliminar’ no deben utilizarse sin una explicación del por qué los registros con considerados como tales.
¿Cuál es la diferencia?
preliminar
Use el siguiente código html: <font color=red>preliminary identification</font>, F. Bungartz: el material requiere verificación.
[para las lista de distribucion internacional la recomendación es utilizar el texto en inglés]
Los reportes ‘preliminares‘ de algunas especies pueden estar basados en registros que aún no han sido verificados. Estos pueden tratarse de citas en la literatura que son consideradas poco fiables o identificaciones de ejemplares váucher que requieren ser revisados. Claramente, cada váucher disponible en el Consorcio no debe agregarse simplemente a una lista. Únicamente deben ser citados aquellos razonablemente confiables. Sin embargo, en particular para los taxones que ya han sido citados en la literatura, los váucheres corrrespondientes pueden ser incluidos para aquellas identificaciones que no son consideradas finales.
Un ejemplo: Tanto Arthonia antillarum como A. parantillarum han sido reportadas muchas veces en el Neotrópico. No obstante, la identidad de las dos especies no está bien resuelta y, al menos en Galápagos, su química secundaria parece ser distinta a la comúnmente reportada. De ahí que los reportes de Ecuador deban ser considerados como preliminares.
problemático
Use el siguiente código html: <font color=red>problematic</font>
[para las lista de distribucion internacional la recomendación es utilizar el texto en inglés]
Los reportes ‘problemáticos‘ de un taxón en una lista son más difíciles de evaluar. Frecuentemente, los nombres han sido citados en la literatura histórica para los cuales no hay disponibles registros modernos. Estos nombres a menudo no están resueltos i. e., no sabemos a qué taxa se refieren en particular. Pero aún nombres recientemente publicados pueden ser considerados problemáticos.
Un ejemplo: Para Ecuador, Werner & Follmann (2003) describieron Arthonia darbishirei basados en un ejemplar recolectado por Darbishire en 1872. La identidad de ese material no pudo ser revisado y la taxonomía de Arthonia en general está poco resuelta. Consideramos este reporte como problemático hasta que el material tipo sea estudiado, aunque el ejemplar tipo es de Ecuador.
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8. Configuración del Encabezado
Una vez que la lista ha sido terminada, antes de hacerla públicamente accesible, todavía son necesarios algunos pasos finales: dar crédito a los autores/colaboradores, añadir un resumen que explique el alcance de la lista (geografía/grupo taxonómico), agregar la sugerencia de citación y configurar la opción de visualización.
8.1. autores y afiliaciones institucionales
Las listas de países completos típicamente son el resultado de una colaboración de diferentes autores. En el caso de la Checklist de Ecuador veintiocho autores de múltiples instituciones colaboraron en su elaboración. Debido a que no hay un campo particular para almacenar las afiliaciones institucionales, decidimos agregar esta información al campo de texto del resumen:
Symbiota tiene solo pocos campos de ingreso de datos dedicados a un editor de texto (como el campo de ‘Abstract’ (‘Resumen’), pero en general la mayoría de otros campos soportan etiquetas html. Así, en el ejemplo anterior, los números para las afiliaciones institucionales de los autores de la lista se despliegan como superíndice lo que se logra usando las etiquetas: <sup>…</sup>
1,2,3,22Alba Yánez-Ayabaca, 1,4,22Ángel Benítez, 1…, 10Edward Erik Gilbert & *1,2,10,17,22Frank Bungartz
<sup>1,2,3,22</sup>Alba Yánez-Ayabaca, <sup>1,4,22</sup>Ángel Benítez, <sup>1</sup>…, <sup>10</sup>Edward Erik Gilbert & <sup>*1,2,10,17,22</sup>Frank Bungartz
8.2. etiquetas html útiles
Hay algunas etiquetas html básicas que son útiles para ingresar un texto [ver también ‘Assign Categories‘ (‘Asignar Categorías’)]:
La mayoría de las etiquetas html requieren, a su vez, una etiqueta de apertura y una de cierre, las siguientes no lo requieren:
<br> = añade una línea extra
<p> = añade un párrafo extra
Las enlistadas a continuación si lo requieren:
<font color=»red»> … </font> = despliega el texto entre comillas en un color distinto, en este caso en rojo; códigos de color en html, e.g., #AE3A94 también puede ser usada.
<sup>…</sup> = muestra el texto delimitado como superíndice
<sub>…</sub> = muestra el texto delimitado como subíndice
<b>…</b> = muestra el texto delimitado en negritas.
<i>…</i> = muestra el texto delimitado en cursivas.
Las etiquetas también pueden ser combinadas, e.g.:
<b><i>…</b></i> = muestra el texto delimitado en negritas yen cursivas.
Es más complicado insertar enlaces (links) usando etiquetas html. Por ejemplo este enlace…
… tiene que usar las etiquetas <a href>…</a> de la siguiente forma:
<a href=’http://lichenportal.org/’>Consortium of Lichen Herbaria</a>
La primera parte de la etiqueta <a href=’http://lichenportal.org/’> … >…</a> se refiere a la dirección del enlace en internet, i. e., la URL a la que dirige este enlace. La segunda parte es el título del enlace que será mostrado, <a href=’…’>Consortium of Lichen Herbaria</a>.
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9. Historial de las Versiones de la Lista y Descargas
Las listas tradicionales se desactualizan rápidamente. Especies no reportadas previamente para un país o región pueden ser descubiertas nuevamente, otras especies se describen como nuevas para la ciencia, la taxonomía de las especies cambia, las identificaciones de los ejemplares resultan incorrectas, entonces los reportes previos son considerados erróneos….
Así, las listas tradicionales a menudo están desactualizadas tan pronto como son publicadas.
Sin embargo, las listas en línea del Consorcio pueden ser actualizadas fácilmente. Una herramienta particularmente útil es la pestaña de ‘conflictos con el váucher‘ en la Herramienta de Váucher. Cuando las identificaciones de los ejemplares incluidos como váucheres cambian, estas discrepancias se muestran ahí. Así, las discrepancias pueden ser revisadas y ligar los váucheres a la identificación nueva y correcta, actualizando las listas de manera eficiente.
9.1. versiones e historial de las versiones
Para listas pequeñas de investigación regional que son ampliamente compartidas, la actualización regular no es problemática, y es útil para mantener un registro dinámico de los datos de inventario que cambian constantemente.
Establecer una lista para documentar la biodiversidad como una lista estandarizada para un país requiere, sin embargo, de algo de estabilidad. Para la Checklist de Norteamérica Ted Esslinger introdujo el concepto de versiones de las listas, en las que se publican actualizaciones a intervalos semirregulares a lo largo del tiempo. Esto no solo ofrece un estándar al que se pueden adaptar los gestores de la conservación y a los investigadores, sino que distintas versiones históricas también documentan el cambio en el conocimiento sobre la biodiversidad a lo largo del tiempo.
Actualmente, en Symbiota no hay herramientas para crear fácilmente distintas versiones de una lista. Para crear una versión nueva, los datos crudos de una lista existente deben ser descargados y cargados otra vez usando ‘cargar listas por lote‘. Esto crea un duplicado de una lista existente ‒ aunque el título, los autores, el resumen, la configuración predeterminada de la pantalla que se despliega, etc. aún tienen que ser copiados manualmente otra vez. También, el duplicado de la nueva lista no incluye los váucheres; esto tiene que ser hecho por el suporte de Symbiota en la base de datos respaldada.
Las versiones previas de una lista pueden ser compartidas como descargas en PDF a partir de la lista principal (se recomienda también incluir una nota de cuándo la lista existente fue actualizada por última vez). Aquí un ejemplo de la Checklist de Galápagos:
Para generar rápidamente un PDF de la versión actual de la lista y la forma en que es desplegada use el botón de imprimir (‘print in browser’). Guarde el resultado como un PDF:
Una vez cargados en el servidor, estos PDFs están disponibles como descargas usando el editor en el campo de ‘Abstract’ (‘Resumen’) (use el ícono de la cadena para añadir un enlace):
9.2. literatura ‒ descargar una lista de referencias
Como se se disctutió previamente, en este momento Symbiota no dispone de las herramientas para añadir referencias a los registros de una lista. El campo ‘fuente’ (‘source field’) proporciona una opción para agregar citaciones y una lista completa de referencias que pueden estar disponibles como un PDF descargable [para consultar cómo compilar y formatear estas listas de referencias ver ‘crear lista de referencias estandarizada‘.
Esa Lista de Referencias puede quedar disponible para descargar, usando otra vez el campo del resumen (‘abstract’ field) (usando el ícono de cadena para agregar un enlace):
10. Publicación de la Lista
10.1 resumen del flujo de trabajo
- crear una lista nueva en blanco y decidir: jerárquica / no jerárquica o una combinación de ambas.
- [posiblemente, añadir una especie rara y/o una lista de especies excluidas]
- añadir los taxones manualmente o subir una lista por lote [asegúrese de revisar que la taxonomía concuerda con el Tesauro Central (Central Thesaurus)].
- usar la herramienta de váucher (voucher tool) para seleccionar los registros de ocurrencia cuya identificación sea confiable.
- obtener una lista de ejemplares tipo para su región y añadirlos a la lista.
- revisar y añadir la literatura y crear una lista de referencias.
- revisar y limpiar la taxonomía, resolver las discrepancias, si es necesario añadir taxones/sinonimias al Tesauro Central [eso solamente es posible con derechos de manipular el Tesauro Central de la taxonomía por un administrador del Consorcio; dirigase a este correo electronico].
- asignar las categorías y añadir comentarios.
- configurar el encabezado y añadir las descargas (historial de la versión, lista de referencias)
- configurar las opciones de visualización y publicar la lista
10.2 configurar las opciones de pantalla
De manera predeterminada, las nuevas listas son desplegadas como listas simples de nombres de taxones por familia. Esto no significa que se muestre información detallada o de váucheres; para asegurarse que se muestre esta información, se recomienda usar la siguiente pantalla predeterminada antes de cambiar la lista de ‘privada’ to ‘pública’:
display synonyms (mostrar sinónimos) = asegura que los sinónimos acordes con el Tesauro Central sean mostrados.
display as images (mostrar imágenes) = no se recomienda, ya que esto reducirá la lista al mostrar solo aquellas imágenes etiquetadas con los nombres de los taxones.
use voucher images as the preferred image (usar las imágenes de los váucheres como imagen preferida) = recomendado; cuando un usuario cambia manualmente la pantalla a ‘imágenes’, se mostrarán las imágenes de los ejemplares váucheres incluidos en la lista en lugar de imágenes obtenidas al azar desde el Consorcio.
show details (mostrar detalles) = despliega información detallada como hábitat, abundancia y fuente.
notes & vouchers (notas y váucheres) = muestra el contenido del campo de notas y la referencia de los ejemplares seleccionados como váucheres.
taxon authors (autores de los taxones) = despliega los autores de los taxones incluidos en una lista [para los hongos esto es importante porque la nomenclatura aún está poco resuelta, especialmente cuando se trata con homónimos que solo pueden ser diferenciados por sus autores).
show taxa alphabetically (mostrar los taxones alfabéticamente) = recomendado; la taxonomía de los líquenes aún está en flujo y generalmente es más útil desplegar una lista ordenada alfabéticamente primero por género+el epíteto específico que primero por familia.
show subgeneric ranking within scientific name (mostrar rangos subgenéricos dentro de un nombre científico) = no recomendado; los rangos subgenéricos no han sido usados ampliamente en la taxonomía de los hongos liquenizados (la publicación de Davydov et al. 2017 que introduce subgéneros de Umbilicaria es una excepción).
activate identification key (activar la clave de identificación) = los taxones incluidos en una lista pueden ser etiquetados usando caracteres morfológicos, anatómicos, ecológicos y químicos; esto permite que las listas sean usadas como claves de identificación; obviamente esta opción solo funciona bien si todos o al menos la mayoría de los taxones incluidos en una lista han sido codificados con caracteres.
10.3 publicación de la lista
Mientras se trabaja en una Lista Borrador (Draft Checklist), los editores pueden decidir si la URL debiera ser accesible a cualquier persona con quien usted quiera compartir el enlace, o solamente a los editores con quien usted colabora.
Con la primera opción ‘Private (anyone with the link can view)’, ‘privada’ (cualquiera con el enlace la puede ver)] puede compartir la URLL con cualquier persona que no tenga derechos de editor. Esto puede ser útil si quiere mostrar lo que está trabajando a colaboradores potenciales.
El escoger la segunda opción ‘Strictly private’ (only editors can view), ‘estrictamente privada'(solo los editores la pueden ver) significa que la URL está completamente oculta y solo los usuarios con derechos de editor pueden verla ‒ únicamente cuando ingresen con su cuenta.
Una vez que termina de editar su lista, cambiarla a ‘Public‘, ‘pública’ hará que ahora cualquiera pueda verla.
Sin embargo, aunque una nueva lista esté públicamente disponible, no será necesario mostrarla en el menú del Consorcio.
La mejor manera de asegurarse que su lista sea accesible a partir de ese menú, es incluirla como parte de un proyecto de inventario. Aquí por ejemplo la Lista del Inventario de México (note que varias de estas listas son borradores, actualmente privadas, i. e., no publicadas todavía).
