Este tutorial describe un flujo de trabajo detallado utilizando las herramientas de Symbiota en el Consorcio de Herbarios de L\u00edquenes<\/em>, para compilar listas basadas en registros de ejemplares disponibles en el Consorcio, as\u00ed como en registros publicados en la literatura.<\/p>\n\n\n\n Para un tutorial general sobre c\u00f3mo crear listas de especies en Symbiota, consulte la Documentaci\u00f3n de Ayuda de Symbiota sobre Listados de Especies<\/a>. Tambi\u00e9n hay disponible un tutorial para principiantes aqu\u00ed<\/a>.<\/p>\n\n\n\n Un ejemplo de una lista de especies se public\u00f3 recientemente para el pa\u00eds de Ecuador: Lichen-forming, Lichenicolous and Allied Fungi of Ecuador<\/a>. Un ejemplo de c\u00f3mo crear listas de especies en SEINet fue publicado recientemente en el Vol. 17 de Canotia<\/a><\/em>: Mackenzie E. Bell and Leslie R. Landrum: Making Checklists with the SEINet Database\/Symbiota Portals<\/a>.<\/p>\n\n\n\n El uso del Consorcio para elaborar listas y manejar los datos, proporciona una opci\u00f3n eficiente y din\u00e1mica para trabajar con listas grandes de especies de pa\u00edses megadiversos, particularmente cuando se trata de grupos poco conocidos, donde los cambios taxon\u00f3micos son frecuentes.<\/p>\n\n\n\n Para una discusi\u00f3n m\u00e1s detallada sobre el uso de las herramientas de Symbiota, por favor revisar la siguiente publicaci\u00f3n:<\/p>\n\n\n\n Y\u00e1nez-Ayabaca et al. <\/em>(2023) Towards a dynamic checklist of lichen-forming, lichenicolous and allied fungi of Ecuador<\/a>. The Lichenologist<\/em> 55<\/strong>(5):203-222 [libre acceso].<\/p>\n\n\n\n _______________________________________________________________________________________<\/p>\n\n\n\n _______________________________________________________________________________________<\/p>\n\n\n\n \u2191 volver al inicio<\/a><\/p>\n\n\n\n Antes de comenzar, es una buena idea decidir qu\u00e9 tipo de lista est\u00e1 planeando hacer.<\/p>\n\n\n\n Las listas de especies creadas con Symbiota pueden ser simples<\/em> o jer\u00e1rquicas<\/em>. Por lo tanto, para un pa\u00eds grande, con muchas provincias o estados diferentes; es mejor, primero elaborar listas individuales para cada uno y luego incluirlas como listas ‘hijas’ para el pa\u00eds. En la lista principal se incorporar\u00e1n autom\u00e1ticamente los taxones incluidos en cualquiera de las listas ‘hijas’. De esta forma, se puede construir una lista de especies para M\u00e9xico creando primero listas separadas para cada estado (Baja California, Chihuahua, Sinaloa, etc.) y luego agreg\u00e1ndolas como ‘hijas’ a la lista principal del pa\u00eds.<\/p>\n\n\n\n Tambi\u00e9n hay algunas desventajas al crear listas jer\u00e1rquicas:<\/em><\/p>\n\n\n\n (1) Las listas jer\u00e1rquicas a\u00f1aden complejidad: cada cambio realizado en cualquiera de las listas ‘hijas’ se reflejar\u00e1 en la lista principal. Gestionar un historial de versiones de listas (ver abajo) se vuelve m\u00e1s desafiante, especialmente cuando se trata de un pa\u00eds grande con muchas provincias o estados y, por lo tanto, una lista principal con m\u00faltiples listas ‘hijas’ provinciales o estatales.<\/p>\n\n\n\n (2) La informaci\u00f3n detallada que se haya ingresado para un tax\u00f3n espec\u00edfico puede ser diferente en una lista ‘hija’ con respecto a la informaci\u00f3n de la lista principal. Generalmente, la informaci\u00f3n de esta lista ‘hija’ tambi\u00e9n aparece en la lista principal, a menos que se ingrese informaci\u00f3n diferente en la ‘hija’.<\/p>\n\n\n\n Si solo se ha ingresado informaci\u00f3n en la lista principal, esta reemplazar\u00e1 a la ingresada en la adicional o ‘hija’.<\/p>\n\n\n\n Por ejemplo: una especie puede ser rara en un estado (o provincia), pero com\u00fan en la mayor parte del pa\u00eds. Para enfatizar esta diferencia, uno tendr\u00eda que incluir dos comentarios: uno en la lista ‘hija’ estatal, donde se mencione que la especie es rara en ese estado particular; y el segundo comentario en la lista principal donde se indique que la especie es generalmente com\u00fan en la mayor\u00eda de los estados del pa\u00eds.<\/p>\n\n\n\n Esto significa que para pa\u00edses grandes, con muchos estados (o provincias), mantener listas jer\u00e1rquicas separadas a\u00f1ade un nivel de complejidad y por lo tanto, un mayor mantenimiento general de estas listas de especies.<\/p>\n\n\n\n Tambi\u00e9n es posible utilizar un enfoque mixto: construir una lista general de todas las especies reportadas en un pa\u00eds, m\u00e1s unas pocas listas adicionales solo para los estados\/provincias mejor conocidos, aquellos que han recibido mayor atenci\u00f3n. Por ejemplo, en M\u00e9xico, los estados del noroeste como Sonora, Baja California y Baja California Sur han sido suficientemente bien investigados como resultado del Inventario de L\u00edquenes para la Regi\u00f3n Sonorense<\/em>, mientras que de algunos otros estados solo se conocen unos pocos registros de especies.<\/p>\n\n\n\n Las listas de Ecuador como un ejemplo de listas jer\u00e1rquicas:<\/strong> Las listas jer\u00e1rquicas son \u00fatiles para distinguir la biota de l\u00edquenes a trav\u00e9s de regiones geogr\u00e1ficas\/geopol\u00edticas. Pero tambi\u00e9n hay dos categor\u00edas adicionales de listas ‘hijas’:<\/p>\n\n\n\n <\/a>\u2191 volver al inicio<\/a><\/p>\n\n\n\n ‘Lista de Especies Raras, Amenazadas y Protegidas’<\/strong> \u2012 esta categor\u00eda se configura para incluir especies de una regi\u00f3n (pa\u00eds, estado, etc.) que se consideran raras y potencialmente amenazadas. La elaboraci\u00f3n de una lista de este tipo se puede utilizar para ocultar al p\u00fablico los datos de localizaci\u00f3n geogr\u00e1fica de estos ejemplares. Aunque esta lista alimenta datos a la lista ‘madre’, los ejemplares incluidos en esta lista no se mostrar\u00e1n en un mapa. Estos registros de ocurrencia permanecen ocultos al p\u00fablico y solo son accesibles a usuarios con derechos para revisar las ocurrencias de especies raras. Un ejemplo es la ‘Lista Roja de L\u00edquenes End\u00e9micos de Gal\u00e1pagos<\/a>‘ (sin embargo; actualmente la mayor\u00eda de los registros de esta lista, no est\u00e1n ocultos, ya que es una lista de evaluaci\u00f3n preliminar).<\/p>\n\n\n\n y<\/em><\/p>\n\n\n\n ‘Lista de Especies Excluidas’<\/strong> \u2012 esta categor\u00eda se configura para construir listas de taxones que han sido reportados err\u00f3neamente en una regi\u00f3n (pa\u00eds, estado, etc.); a diferencia de cualquier otra lista ‘hija’, los taxones de una ‘lista de especies excluidas<\/em>‘ no se incluir\u00e1n en la lista ‘madre’. Un ejemplo es la lista de ‘Reportes err\u00f3neos de hongos formadores de l\u00edquenes, hongos liquen\u00edcolas y hongos aliados de Gal\u00e1pagos<\/a>‘.<\/p>\n\n\n\n _______________________________________________________________________________________<\/p>\n\n\n\n <\/a>\u2191 volver al inicio<\/a><\/p>\n\n\n\n Las listas pueden construirse a\u00f1adiendo taxones manualmente<\/em>, por lote o utilizando la Herramienta<\/em> de V\u00e1ucher <\/em>(Voucher Tool). Para la elaboraci\u00f3n de una lista solo se pueden a\u00f1adir taxones (especies, subespecies, variedades, formas) que est\u00e9n disponibles<\/em> en el Tesauro Taxon\u00f3mico.<\/p>\n\n\n\n Los taxones que no est\u00e9n incluidos deben agregarse primero al tesauro antes de que puedan a\u00f1adirse a una lista (contactar al administrador del portal si falta alg\u00fan tax\u00f3n en el tesauro).<\/p>\n\n\n\n Al construir listas de especies manualmente<\/em>, es altamente recomendable primero revisar si un nombre es considerado como ‘aceptado’ o como un ‘sin\u00f3nimo’. De manera predeterminada, los taxones se mostrar\u00e1n en las listas tal y como fueron a\u00f1adidos originalmente a esa lista; es decir, en la ‘lista original’<\/em>.<\/p>\n\n\n\n Al construir una lista desde cero, es posible a\u00f1adir accidentalmente dos nombres diferentes de la misma especie. Cambiando la vista de ‘Lista original’ (‘Original Checklist’) a ‘Tesauro Central’ (‘Central Thesaurus’), es posible revisar si se han a\u00f1adido accidentalmente diferentes nombres de taxones que el tesauro considere como sin\u00f3nimos (ver Limpieza Taxon\u00f3mica<\/a> a continuaci\u00f3n).<\/p>\n\n\n\n <\/a>\u2191 volver al inicio<\/a><\/p>\n\n\n\n Para a\u00f1adir manualmente registros de especies a su lista, aseg\u00farese de que ‘spp-on’<\/strong> est\u00e9 activo (esta opci\u00f3n tambi\u00e9n debe estar habilitada para editar manualmente cualquier nota para cada entrada, lo que se discutir\u00e1 en detalle m\u00e1s adelante):<\/p>\n\n\n\n Esto abre un cuadro donde puede comenzar a escribir los nombres de las especies para a\u00f1adirlos manualmente. Para cada especie, tambi\u00e9n puede a\u00f1adir informaci\u00f3n adicional (rechazo de la familia, h\u00e1bitat, abundancia, notas, notas internas y fuente):<\/p>\n\n\n\n Cuando se a\u00f1adan manualmente registros individuales a la lista, es importante no agregar duplicados de la misma especie utilizando nombres diferentes para el tax\u00f3n.<\/p>\n\n\n\n Por ejemplo, es posible a\u00f1adir accidentalmente tanto Usnea longissima<\/em> Ach. como Dolichousnea longissima<\/em> (Ach.) Articus a la misma lista de especies – aunque estos sean nombres diferentes son exactamente<\/em> la misma especie-; i.e<\/em>., ambos taxones est\u00e1n basados en el mismo tipo (= sin\u00f3nimos homot\u00edpicos<\/em>), simplemente reflejan diferentes opiniones taxon\u00f3micas<\/em> sobre c\u00f3mo debe nombrarse la especie.<\/p>\n\n\n\n Tambi\u00e9n es posible a\u00f1adir nombres que el Tesauro Taxon\u00f3mico trata como sin\u00f3nimos heterot\u00edpicos<\/em>, es decir, taxones que se basan en diferentes tipos, pero que, no obstante, se consideran sin\u00f3nimos. Las opiniones taxon\u00f3micas cambian con el tiempo y los autores de una lista de especies pueden no estar de acuerdo, por lo que esto proporciona una opci\u00f3n para no seguir los conceptos taxon\u00f3micos utilizados por el tesauro.<\/p>\n\n\n\n Por ejemplo, siguiendo la Lichen Flora of the Greater Sonoran Desert Region<\/em>,<\/em> el<\/p>\n\n\n\n Tesauro taxon\u00f3mico incluye a Buellia glaziouana<\/em> (Kremp.) M\u00fcll. Arg. como un sin\u00f3nimo de Buellia<\/em> mamillana<\/em> (Tuck.) W.A. Weber. Los dos taxones se basan en un tipo diferente y podr\u00edan considerarse especies distintas (nuevamente: esto es una cuesti\u00f3n de opini\u00f3n). En algunos casos, los autores pueden deliberadamente no estar de acuerdo, as\u00ed que tratan a los dos taxones como especies separadas, aunque el tesauro los considere sin\u00f3nimos.<\/p>\n\n\n\n Cambiar la opci\u00f3n de visualizaci\u00f3n de ‘Lista original’ a ‘Tesauro Central’ resultar\u00e1 en diferentes estad\u00edsticas. La visualizaci\u00f3n de ‘Lista original’ mostrar\u00e1 un conteo de especies diferente al del ‘Tesauro Central’. Mientras que el ‘Tesauro Central’ solo cuenta el n\u00famero de nombres aceptados, la ‘Lista original’ cuenta todos los nombres que se han a\u00f1adido originalmente a la lista por separado, sin importar si son sin\u00f3nimos o no.<\/p>\n\n\n\n Por lo tanto, cuando se a\u00f1aden sin\u00f3nimos como especies separadas sin<\/em> seguir el Tesauro Central, se recomienda agregar un comentario explicando la diferencia de opini\u00f3n taxon\u00f3mica. Sin embargo, en la mayor\u00eda de los casos las discrepancias surgen no porque los autores hayan decidido deliberadamente no estar de acuerdo con el Tesauro Central, sino cuando se han a\u00f1adido accidentalmente duplicados falsos. Entonces, es necesario descargar, comparar y limpiar ambas listas [ver Limpieza Taxon\u00f3mica<\/a> a continuaci\u00f3n].<\/p>\n\n\n\n <\/a>\u2191 volver al inicio<\/a><\/p>\n\n\n\n En lugar de a\u00f1adir especies a la lista de manera manual; es decir, una por una, tambi\u00e9n es posible cargar una hoja de c\u00e1lculo completa (= una lista de especies) por lote.<\/p>\n\n\n\n sciname | family override | habitat | abundance | notes | internal notes | source<\/strong><\/p>\n\n\n\n El \u00fanico formato de archivo aceptable que se puede cargar es un archivo de texto con valores separados por comas<\/em> [extensi\u00f3n de archivo: *.csv]. Para compilar manualmente dicho archivo, se puede usar un editor de texto, separar las columnas con comas y agregar el texto que contenga comas entre comillas. Sin embargo, la mayor\u00eda de los programas de hojas de c\u00e1lculo [e.g<\/em>., Excel, LibreOffice CALC] permiten guardar archivos directamente como CSV. Para asegurarse de que los s\u00edmbolos se transcriban correctamente, se recomienda guardar el CSV con codificaci\u00f3n UTF-8.<\/p>\n\n\n\n A continuaci\u00f3n, se presenta la lista de campos que pueden cargarse por lote [con el tama\u00f1o y si se muestra su t\u00edtulo]:<\/p>\n\n\n\n sciname<\/strong> = El sciname<\/em> es el ‘nombre cient\u00edfico’ de una especie sin su autor<\/em>. Aunque una hoja de c\u00e1lculo puede incluir los nombres de los autores, durante la carga estos se ignoran. La consecuencia: los hom\u00f3nimos no se distinguen durante la carga. As\u00ed que, si se carga un nombre como Caloplaca arizonica<\/em> E.D. Rudolph [= un sin\u00f3nimo de Caloplaca pellodella<\/em> (Nyl.) Hasse] vs. Caloplaca arizonica<\/em> H. Magn. [= un sin\u00f3nimo de Gyalolechia epiphyta<\/em> (Lynge) Vondr\u00e1k], los dos no se distinguen durante la carga. Si se tiene una buena raz\u00f3n para que los hom\u00f3nimos deban a\u00f1adirse a una lista, se recomienda hacerlo manualmente. Un ejemplo son los hom\u00f3nimos, para los que a\u00fan no se ha publicado un nombre de reemplazo. Por ejemplo, el nombre Herpothallon hyposticticum<\/em> se public\u00f3 dos veces: una vez para una especie que se supon\u00eda end\u00e9mica de Gal\u00e1pagos y tambi\u00e9n para una especie reportada en Florida. El nombre que se public\u00f3 primero, Herpothallon hyposticticum<\/em> Bungartz & Elix de Gal\u00e1pagos, tiene prioridad taxon\u00f3mica. El nombre introducido para la especie de Florida, Herpothallon hyposticticum<\/em> F. Seavey & J. Seavey, es por lo tanto ileg\u00edtimo. Pero mientras no se haya publicado un nombre de reemplazo para la especie de Florida, ese tax\u00f3n sigue figurando en la Lista de Am\u00e9rica del Norte<\/a>.<\/p>\n\n\n\n rechazo de la familia <\/strong>(family override)[m\u00e1x. 50 caracteres, t\u00edtulo no<\/em> mostrado] = Este campo no se muestra, pero puede utilizarse para organizar una lista usando nombres de familias diferentes al Tesauro Central. De este modo, puede que no se acepte la separaci\u00f3n de Physciaceae<\/em> y Caliciaceae<\/em> sino que se prefiera tratar a ambas como subfamilias de una misma superfamilia. O puede considerarse que el g\u00e9nero Ramalina<\/em> debe figurar en Ramalinaceae<\/em>, no en Bacidiaceae<\/em>. En esta secci\u00f3n se puede a\u00f1adir el nombre de la familia preferida, aunque difiera del Tesauro Central.<\/p>\n\n\n\n H\u00e1bitat (<\/strong>habitat) [m\u00e1x. 500 caracteres, t\u00edtulo no<\/em> mostrado] = Este campo se cre\u00f3 originalmente para mostrar informaci\u00f3n sobre el h\u00e1bitat donde se sabe que ocurre una especie. Para las especies incluidas en las listas elaboradas para el Consorcio de L\u00edquenes, el campo de h\u00e1bitat es suficientemente amplio para incluir las categor\u00edas propuestas por Esslinger si un tax\u00f3n est\u00e1 liquenizado, es un hongo liquen\u00edcola, o es un hongo sapr\u00f3fito o aliado [ver ‘Asignar Categor\u00edas<\/a>‘ a continuaci\u00f3n].<\/p>\n\n\n\n Algunos registros de hongos liquen\u00edcolas incluidos en la Lista de Ecuador:<\/strong> abundancia<\/strong> (<\/strong>abundance )<\/strong> [m\u00e1x. 50 caracteres, t\u00edtulo no<\/em> mostrado] = Este campo es relativamente peque\u00f1o. Para la Lista de Gal\u00e1pagos se utiliz\u00f3 este campo para distinguir si un tax\u00f3n se considera end\u00e9mico, nativo y\/o ind\u00edgena del archipi\u00e9lago [ver ‘Asignar Categor\u00edas<\/a>‘].<\/p>\n\n\n\n notas<\/strong> (<\/strong>notes) [m\u00e1x. 2,000 caracteres, t\u00edtulo no<\/em> mostrado] = El campo de notas es suficientemente grande para agregar comentarios detallados sobre un tax\u00f3n; por ejemplo, si un tax\u00f3n se considera problem\u00e1tico y por qu\u00e9 (puede ser que solo se haya reportado en la literatura hace muchos a\u00f1os y no existan registros actuales, o porque basaron la identificaci\u00f3n de los ejemplares en espec\u00edmenes cuya identificaci\u00f3n sigue siendo dudosa, etc.) [ver ‘Asignar Categor\u00edas<\/a>‘].<\/p>\n\n\n\n Captura de pantalla de la Lista de Ecuador:<\/strong> notas internas <\/strong>(internal notes) [m\u00e1x. 250 caracteres, este campo no<\/em> se muestra en absoluto] = El campo no se muestra y est\u00e1 destinado a comentarios de quienes que solo tienen acceso como los editores de la lista. Generalmente no es muy \u00fatil, ya que es ‘invisible’ incluso para los editores, a menos que se abra el formulario de entrada de datos para cada tax\u00f3n individual (o se descargue toda la lista como una hoja de c\u00e1lculo). Colaborar en una lista preliminar es generalmente m\u00e1s conveniente para el uso temporal de otros campos para a\u00f1adir ‘notas de trabajo’ (tal vez etiquet\u00e1ndolas con distintos colores) y borrarlas antes de la publicaci\u00f3n, una vez que el problema haya sido resuelto.<\/p>\n\n\n\n Fuente<\/strong> [m\u00e1x. 1,100 caracteres, el t\u00edtulo se muestra como ‘source’] = El campo fuente est\u00e1 destinado a las citas de literatura consultada. Aunque el campo es bastante grande, no es suficiente para agregar referencias completas. Una soluci\u00f3n alternativa es usar el formato general para citar las publicaciones en la literatura cient\u00edfica [e.g<\/em>., Cole & Hawksworth (2001) o Suija et al. (2015)] y mantener un documento separado con la lista completa de referencias, que luego se a\u00f1adir\u00e1 para su descarga en formato PDF, una vez que se publique la lista final [ver la Lista de Ecuador (Ecuador Checklist<\/a>) como ejemplo].<\/p>\n\n\n\nTabla de contenidos<\/h2>\n\n\n\n
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<\/a> 1. ‘Listas Jer\u00e1rquicas’ vs. ‘No Jer\u00e1rquicas’<\/strong><\/h2>\n\n\n\n
jerarqu\u00edas geogr\u00e1ficas\/geopol\u00edticas<\/strong><\/h3>\n\n\n\n
![\"This](\"https:\/\/help.lichenportal.org\/wp-content\/uploads\/2024\/08\/image.png\")
<\/figure>\n\n\n\n
Hay cuatro listas disponibles – (1) la Lista<\/em> Principal<\/em> de<\/em> Ecuador<\/em>, (2) una Lista<\/em> de<\/em> la Provincia<\/em> de<\/em> Gal\u00e1pagos<\/em>, (3) una Lista<\/em> Roja<\/em> con evaluaciones preliminares de especies end\u00e9micas de Gal\u00e1pagos<\/em>, y (4) una lista de especies reportadas err\u00f3neamente de Gal\u00e1pagos.
La lista principal de Ecuador est\u00e1 configurada como la lista madre<\/em> de Gal\u00e1pagos. La lista roja de Gal\u00e1pagos, es una lista hija<\/em> de la lista de Gal\u00e1pagos y est\u00e1 configurada como una ‘lista de especies raras, amenazadas y protegidas’ [ver abajo]. La lista de especies reportadas err\u00f3neamente de Gal\u00e1pagos es una ‘lista de especies excluidas, por lo que no alimenta con sus registros a la lista principal [ver tambi\u00e9n abajo].<\/p>\n\n\n\n2. Cargar Listas Existentes<\/strong><\/h2>\n\n\n\n
2.1. a\u00f1adir taxones manualmente<\/strong><\/h3>\n\n\n\n
![\"This](\"https:\/\/help.lichenportal.org\/wp-content\/uploads\/2024\/08\/image-1-1024x189.png\")
<\/figure>\n\n\n\n![\"This](\"https:\/\/help.lichenportal.org\/wp-content\/uploads\/2024\/08\/image-5.png\")
<\/figure>\n\n\n\n2.2. cargar listas por lote<\/strong><\/h3>\n\n\n\n
Esa hoja de c\u00e1lculo puede incluir solo una columna, una simple lista de los nombres a agregar, o puede ser una hoja de c\u00e1lculo con uno o varios de los siguientes campos:<\/p>\n\n\n\n![\"This](\"https:\/\/help.lichenportal.org\/wp-content\/uploads\/2024\/08\/image-10-1024x641.png\")
<\/figure>\n\n\n\n
La categor\u00eda de Esslinger ‘liquen\u00edcola’ se ha a\u00f1adido en color utilizando etiquetas html [ver ‘Asignar Categor\u00edas<\/a>‘], por lo tanto el g\u00e9nero o especie en la cual se reporta el hongo liquen\u00edcola, tambi\u00e9n se ingresa en el campo de h\u00e1bitat.<\/p>\n\n\n\n![\"This](\"https:\/\/help.lichenportal.org\/wp-content\/uploads\/2024\/08\/image-7.png\")
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Para Acantholichen galapagoensis<\/em>, se agreg\u00f3 el campo de ‘abundancia’ que contiene el comentario ‘end\u00e9mico de Gal\u00e1pagos’. En el campo ‘notas’ se incluye una referencia al holotipo y un comentario de que la especie ha sido incluida en la lista roja de la UICN como vulnerable; as\u00ed como el comentario de que la especie fue previamente reportada de manera erron\u00e9a en Gal\u00e1pagos como A. pannarioides<\/em>. En el campo ‘fuente’ se enlista la literatura relevante, la lista completa de referencias se incluye en un PDF que se puede descargar desde el sitio web [Se pueden usar diferentes colores con etiquetas html, ver ‘Asignar Categor\u00edas<\/a>‘].<\/p>\n\n\n\n![\"This](\"https:\/\/help.lichenportal.org\/wp-content\/uploads\/2024\/08\/image-6-1024x321.png\")
<\/figure>\n\n\n\n